Η ιδέα να δημιουργηθεί ένα Ερευνητικό Κέντρο αφιερωμένο στη μελέτη των Ανθρωπιστικών και των Κοινωνικών Επιστημών και των Επιστημών της Αγωγής διαμορφώθηκε πολύ νωρίτερα από το 2000, όταν και ξεκίνησε η υλοποίησή της. Η δημιουργία του Κέντρου αρχικά υποστηρίχθηκε από την Πρυτανεία του αείμνηστου Χρήστου Νικολάου και τους τότε Αντιπρυτάνεις, τον αείμνηστο Άγγελο Κρανίδη και τον Καθηγητή Μιχάλη Δαμανάκη. Στο ίδιο πλαίσιο, ακολούθησε μία σειρά διεργασιών στα Τμήματα και την Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης (ΠΚ) κατά το ακαδημαϊκό έτος 2000 – 2001. Το θεσμικό πλαίσιο του ΚΕΜΕ και το αρχικό κτιριολογικό του πρόγραμμα αποφασίσθηκαν από τη Σύγκλητο το ΠΚ το 2004 υπό την Πρυτανεία του Καθηγητή Χ. Νικολάου, ενώ το πλήρες κτιριολογικό πρόγραμμα εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του ΠΚ το 2011 υπό την Πρυτανεία του Καθηγητή Ευριπίδη Στεφάνου.

Δίνοντας μεγάλη έμφαση στον ιδρυματικό χαρακτήρα του Κέντρου και στην κατασκευή των υποδομών του, οι διεργασίες συνεχίστηκαν υπό την Πρυτανεία αρχικά του Καθηγητή Ιωάννη Παλλήκαρη  και ακολούθως του Καθηγητή Ευριπίδη Στεφάνου, υπό την Πρυτανεία του οποίου παραδόθηκαν προς χρήση οι εγκαταστάσεις του Κέντρου το 2015 παρουσία του Δημάρχου Ρεθύμνου κ. Γιώργη Μαρινάκη και της Αντιπεριφερειάρχου Κρήτης κ. Μαρίας Λιονή. Το πλήρες κτιριολογικό πρόγραμμα του ΚΕΜΕ-ΠΚ περιλαμβάνει πέντε (5) κτίρια εκ των οποίων τα τρία ήταν σε λειτουργία (Α, Β και Γ) τον Σεπτέμβριο 2011. Η ολοκλήρωση του συγκροτήματος με τα δύο επιπλέον κτίρια (Δ και Ε) χρηματοδοτήθηκε από το Ε.Π. Κρήτης και Νήσων Αιγαίου (ΕΣΠΑ) και η σύμβαση για την κατασκευή αυτών των δύο κτηρίων υπογράφηκε το 2013. Οι χώροι του ΚΕΜΕ-ΠΚ περιλαμβάνουν γραφεία, αίθουσες εργαστηρίων, αίθουσες Η/Υ, (τηλε)συνεδριάσεων και σεμιναρίων και εγκαινιάστηκαν το 2017 υπό την Πρυτανεία του Καθηγητή Οδυσσέα-Ιωάννη Ζώρα. 

Έχοντας προχωρήσει η κτιριακή αποπεράτωση του ΚΕΜΕ-ΠΚ, από την Πρυτανεία του Καθηγητή Ευριπίδη Στεφάνου ξεκίνησε να δίνεται έμφαση και στην ενίσχυση τόσο του ερευνητικού έργου του Κέντρου όσο και στη στελέχωσή του με διοικητικό προσωπικό. Τόσο η κτιριακή φροντίδα όσο και η υποστήριξη του ΚΕΜΕ-ΠΚ συνεχίστηκαν και από τους Πρυτάνεις Καθηγητές Μιχαήλ Ταρουδάκη, Οδυσσέα-Ιωάννη Ζώρα και Παναγιώτη Τσακαλίδη και συνεχίζονται μέχρι σήμερα από τον Πρύτανη  Καθηγητή Γεώργιο Κοντάκη.

Το 2009 συντάχθηκε και εγκρίθηκε ο πρώτος κανονισμός οργάνωσης και λειτουργίας του ΚΕΜΕ-ΠΚ, με το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο να αποτελείται από τον Καθηγητή Μιχάλη Δαμανάκη στη θέση του Διευθυντή, τον Καθηγητή Σκεύο Παπαϊωάννου στη θέση του Αναπληρωτή Διευθυντή και ως μέλη τους Κοσμήτορες των τριών Σχολών του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ρέθυμνο, Καθηγητές Αλέξη Καλοκαιρινό, Παναγιώτη Μιχαηλίδη και Αθανάσιο Παπαδόπουλο. Ο κύριος στόχος του πρώτου Διοικητικού Συμβουλίου ήταν η ένταξη και η στέγαση ερευνητικών εργαστηρίων των τριών Σχολών του ΠΚ στο ΚΕΜΕ-ΠΚ, σύμφωνα με σαφή επιστημονικά κριτήρια. Το εν λόγω κανονιστικό πλαίσιο εφαρμόστηκε από τους Σκεύο Παπαϊωάννου (Διευθυντής) και Παναγιώτη Μιχαηλίδη (Αναπληρωτής Διευθυντής).

Το αρχικό πλαίσιο λειτουργίας του ΚΕΜΕ-ΠΚ αναθεωρήθηκε από την Καθηγήτρια Μαρία Κούση από τη θέση της Διευθύντριας και τον Καθηγητή Παντελή Καλαϊτζιδάκη από τη θέση του Αναπληρωτή Διευθυντή και εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης το 2015. Σύμφωνα με τον επικαιροποιημένο κανονισμό οργάνωσης και λειτουργίας, υιοθετήθηκε η εκλογή του Διοικητικού Συμβουλίου του ΚΕΜΕ-ΠΚ με την ίση εκπροσώπηση των τριών Σχολών και δόθηκε η δυνατότητα ενσωμάτωσης ανεξάρτητων ερευνητών εκτός των ενταγμένων εργαστηρίων καθώς και προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών. Το νέο κανονιστικό πλαίσιο δημοσιεύτηκε σε ΦΕΚ και εφαρμόστηκε το 2016, όταν και εκλέχθηκε το πρώτο πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο με Διευθύντρια την Μαρία Κούση, Καθηγήτρια του Τμ. Κοινωνιολογίας. Με απόφαση της Συγκλήτου του ΠΚ, το 2020 ορίστηκε τριμελής Επιστημονική-Συμβουλευτική Επιτροπή αποτελούμενη από επιστήμονες Πανεπιστημίων του εξωτερικού, οι οποίοι/ες εκπροσωπούν τις Ανθρωπιστικές Επιστήμες, τις Κοινωνικές Επιστήμες και τις Επιστήμες της Αγωγής. Το 2021 εκλέχθηκε το δεύτερο Διοικητικό Συμβούλιο με Διευθύντρια τη Στέλλα Γιακουμάκη, Καθηγήτρια του Τμ. Ψυχολογίας.